Program studiów w zakresie Nauk Farmaceutycznych kładzie szczególny nacisk na studiowanie dyscyplin farmaceutycznych, takich jak chemia farmaceutyczna, analiza farmaceutyczna, farmakologia, leki naturalne i formy leków, zwłaszcza znajomość analizy farmaceutycznej i badań nad lekami. Jest to dwuletni program uzupełniający. Specjalizacje nie są częścią programu studiów.

Program studiów jest przeznaczony przede wszystkim dla absolwentów studiów licencjackich Coach lub Fitness Coach. Studenci zapoznają się z aktualnymi trendami w zakresie organizacji i planowania coachingu wydajnościowego. Treść opracowania jest oparta na aktualnym poziomie wiedzy z szerokiego obszaru nauk stosowanych w sporcie (np. fizjologii, biomechaniki, żywienia, diagnostyki wydolnościowej, psychologii). Ważną częścią treści jest metodologia badań w różnych dyscyplinach sportowych. Podczas studiów studenci rozwijają swoje „miękkie umiejętności”. Absolwenci znajdą zatrudnienie w obszarze coachingu wydajnościowego lub w badaniach stosowanych w naukach o sporcie.

Program przygotowuje absolwentów do zostania ekspertami o wysokim poziomie wiedzy z zakresu biotechnologii i bioinżynierii oraz nauk o żywności, z naciskiem na jakość i bezpieczeństwo żywności. Szeroko zaprojektowana struktura tego programu – wraz z celowym połączeniem edukacji chemicznej, biologicznej i inżynierskiej – otwiera przed absolwentami szeroki zakres opcji kariery. Program poszerza i pogłębia wiedzę ogólną zdobytą na poziomie licencjata w zakresie biochemii, chemii organicznej i fizycznej, biologii, mikrobiologii, technologii i analizy żywności oraz podstaw biotechnologii i bioinżynierii. Studenci mogą doskonalić swoją wiedzę, odpowiednio dobierając przedmioty do wyboru.

Magister inżynierii metalurgicznej Program studiów ma na celu kształcenie specjalistów w zakresie nowoczesnej metalurgii i inżynierii. Początkowo prowadzone są podstawowe wspólne kursy teoretyczne, odpowiednio uzupełnione kursami z zakresu materiałoznawstwa, zarządzania i zarządzania jakością. Program studiów obejmuje również przedmioty z zakresu produkcji żelaza i stali, odlewnictwa i formowania masowego.

Celem programu Development Studies and Foresight jest przygotowanie profesjonalistów zorientowanych na foresight do kariery w środowisku oraz polityki i praktyki rozwojowej. Czas trwania programu to 2 lata. Studenci otrzymają tytuł „Magister”, w skrócie „Mgr.” co jest równoważne z tytułem magistra (mgr). Ten program ma 3 specjalizacje - Foresight, International Development Studies i Global Development Policy (wspólny tytuł magisterski z University of Clermont Auvergne, University of Pavia).

CERGE-EI (Centrum Badań Ekonomicznych i Kształcenia Podyplomowego - Instytut Ekonomiczny) jest wspólną placówką Uniwersytetu Karola i Instytutu Ekonomicznego Czeskiej Akademii Nauk.

University of New York w Pradze z dumą ogłasza swój pierwszy stopień naukowy akredytowany przez czeskie Ministerstwo Edukacji, Młodzieży i Sportu. Studenci, którzy uzyskają czeski tytuł magistra psychologii, będą mieli prawo używać tytułu Mgr. Magister psychologii jest niezbędnym fundamentem dla zawodów we wszystkich dziedzinach psychologii, od pracy klinicznej po badania naukowe. Studenci studiów podyplomowych z psychologii na uniwersytecie w Nowym Jorku w Pradze zostaną dokładnie przygotowani zarówno na poziomie teoretycznym, jak i praktycznym.

Kierunek studiów skierowany jest do studentów zainteresowanych tematyką ekonomii i zarządzania. Jest on tworzony interdyscyplinarnie z wykorzystaniem zintegrowanych podstaw ekonomicznych i menedżerskich, metod ilościowych, ICT i powiązanych dyscyplin nauk społecznych.

Master in Executive MBA i FBA Praga. Pierwsza i jedyna szkoła MBA w Czechach i czwarta w Europie Środkowej posiadająca potrójną koronę - prestiżowe akredytacje AMBA, EQUIS i AACSB. Skupia się na doświadczonych menedżerach i profesjonalistach. Kandydaci powinni posiadać co najmniej 6-letnie doświadczenie zawodowe, w tym co najmniej 2-letnie doświadczenie w kierowaniu zespołem.

5-letni program Stomatologia prowadzi do magistra MDDr. - "Medicinae Dentium Doctor" = Doctor of Dental Medicine. Zgodnie z art. 3 akapit drugi zdanie drugie Kodeksu procedury rekrutacyjnej dla kandydatów na studia na Uniwersytecie Karola, jest to program studiów bez specjalizacji.

Kontynuacyjne studia magisterskie Masters in Nanotechnology przeznaczone są dla absolwentów studiów licencjackich na kierunku nanotechnologia lub gałęziach ukierunkowanych przede wszystkim na materiałoznawstwo, fizykę stosowaną i chemię. Przedmioty teoretyczne, dotyczące zależności między strukturą a optycznymi, magnetycznymi i innymi właściwościami nanomateriałów, są uzupełniane pracą w laboratoriach z wykorzystaniem nowoczesnych urządzeń diagnostycznych.

Sześcioletni program nauczania prowadzi do uzyskania tytułu magistra MUDr. - "Medicinae Universae Doctor" = Doctor of General Medicine. Zgodnie z art. 3 akapit drugi zdanie drugie Kodeksu procedury rekrutacyjnej dla kandydatów na studia na Uniwersytecie Karola, jest to program studiów bez specjalizacji.

Kandydaci zostaną przyjęci na studia magisterskie w programie HSE Professional w pełnym wymiarze godzin na studiach magisterskich. Procedura rekrutacyjna nie przewiduje egzaminów. Na studia mogą zostać przyjęci absolwenci studiów licencjackich o podobnej specjalności.

Dwuletnie studia Master in BIM Engineering kładą nacisk na koordynację procesów budowlanych w środowisku informacyjnym BIM oraz cyfryzację budownictwa. Absolwent studiów magisterskich na kierunku inżynieria BIM znajdzie zatrudnienie przede wszystkim w firmach projektujących i realizujących obiekty budowlane lub w firmach zajmujących się zarządzaniem obiektami i kompleksową obsługą nieruchomości nie tylko z wdrożeniem metody BIM.

Kompleksowy i wszechstronny program studiów, Master in Fishery and Protection of Waters bada biologiczne, ekologiczne i technologiczne aspekty rybołówstwa i gospodarki wodnej, a także kwestie związane z ochroną środowiska wodnego. Ponadto program zapewnia również wgląd w różne powiązane dziedziny.